Rutinsko procesiranje patohistoloških uzoraka podrazumijeva fiksaciju i automatiziranu dehidraciju bioptičkih i resekcijskih uzoraka tkiva, izradu parafinskih blokova i mikrotomskih rezova te automatizirano bojanje histoloških preparata, standardnom hemalaun-eozin (HE) metodom što omogućava analizu svjetlosnim mikroskopom. Prema potrebi i zahtjevu kliničara preliminarna dijagnoza postavlja se intraoperativno, na smrznutim rezovima.
Histokemijske metode se koriste za detekciju različitih staničnih struktura, biokemijskih produkata i mikroorganizama u patohistološkim uzorcima. Princip metode se temelji na djelovanju specifičnih reagensa koji u kemijskoj reakciji s tkivom daju obojeni netopljivi precipitat koji je vidljiv pod svjetlosnim mikroskopom. Ova metoda je potpuno automatizirana i koriste se “ready to use” histološki reagensi. Laboratorij raspolaže sa 20 histokemijskih setova (Giemsa, Mallory, PAS, PAS-diastaza, Gomory, Jones, Elastica, Kongo crvenilo, Berlinsko modrilo.)
Imunohistokemijske metode se koriste za detekciju staničnih, hormonskih i karcinomskih antigena, te detekciju prediktivnih biomarkera koji imaju izravan učinak na terapijski izbor u onkološkom liječenju pametnim lijekovima. Princip metode se temelji na specifičnoj reakciji antigen-antitijelo i vizualizaciji iste pomoću sekundarnog protutijela u kromogen-enzimskoj reakciji. Produkt specifične reakcije vidljiv je pod svjetlosnim mikroskopom kao obojeni precipitat. Standardna patohistološka dijagnostika nezamisliva je bez imunohistokemijske metode koja omogućava brojne dodatne informacije prilikom rutinske patohistološke analize tkiva s ciljem postavljanja dijagnoze, klasifikacije tumora te određivanja prognostičkih biomarkera malignih tumora. Ova metoda je potpuno automatizirana i koriste se “ready to use” reagensi.
Laboratorij raspolaže sa oko 150 imunohistokemijskih biljega koji se koriste kao:
- tkivni antigeni (npr. citokeratini, vimentin, EMA, SMA, S-100, GATA 3, PAX-8, itd.)
- specifični biljezi u dijagnostici solidnih tumora (npr. TTF-1, PSA, CEA, CDX-2, melan A, c-KIT, RCC, itd.)
- specifični biljezi u dijagnostici limfoproliferativnih bolesti (npr. CD20, CD3, CD15, CD30, BCL-2, BCL-6, CD138, itd.)
- prediktivni biljezi kojima se procjenjuje terapijski izbor i odgovor na onkološku terapiju (npr. ER, PgR, HER-2, Ki-67, ALK, ROS-1, PD-L1, itd.)
U širokoj paleti imunohistokemijskih biljega rastući je broj onih koji selektiraju onkološke bolesnike za terapiju pametnim lijekovima (FDA Companion diagnostic, CDx ).
Direktna imunoflorescencija je metoda srodna imunohistokemiji, samo što je ovdje specifično protutijelo obilježeno molekulom fluorescina tako da je, produkt antitijelo-antigen, vidljiv pod fluorescentnim mikroskopom. Metoda direktne imunoflorescencije se rutinski koristi za detekciju specifičnih antigena u nefropatologiji analizom bioptata bubrega, te u dijagnostici imunoloških bolesti kože (IgA, IgG, IgM, C1q, C3c, C4, albumin, fibrinogen).
Metode molekularne patologije podrazumijevaju detekciju promjena u tkivima, organima, tumorima i krvi na nivou gena i kromosoma. Molekularne analize standardne su dijagnostičke metode u slučajevima potvrde nekih bolesti ili tumora, u slučajevima procjene odgovora na terapiju ili praćenja minimalne ostatne bolesti, u slučajevima procjene rizičnih faktora, u selekciji onkoloških bolesnika za tererapiju pametnim biološkim lijekovima i u ordiniranju personalizirane doze lijeka. Na Zavodu se primjenjuju metode klasičnog PCR-a i detekcija kapilarnom elektroforezom, metode real time PCR-a, kvantitativni real time PCR, metoda NGS -a (next generation sequencing), in situ hibridizacija, dvostruka in situ hibridizacija i fluorescentna in situ hibridizacija.
Metode in situ hibridizacije se koriste na razini svjetlosne (ISH I SISH) i florescentne mikroskopije (FISH) u dijagnostici limfoproliferativnih bolesti (EBER, imunoglobulinski lanci, bcl-2, bcl-6 i myc), karcinoma dojke (HER), karcinoma pluća (ROS-1) i sarkoma (MDM2).
U dijagnostičke svrhe se radi PCR analiza JAK2 (V617F) i FLT3 (ITD i TDK) mutacija kao i BCR/ABL, TEL/AML1, MLL/AF4 i AML/ETO, PML/RARa translokacija kod mijeloproliferativnih bolesti, te analiza mutacije HFE gena kod hemokromatoze. Mutacija BCR/ABL određuje se i kvantitativno što je važno u praćenju liječenja bolesnika s akutnim leukemijama. U prediktivne i terapijske svrhe radi se analiza mutacije EGFR gena kod karcinoma pluća, mutacije KRAS, NRAS i BRAF gena kod karcinoma debelog crijeva, mutacija BRAF gena kod melanoma te mutacija PIK3CA u karcinomima dojke. Također se u prediktivne svrhe tehnologijom real time PCR-a provodi analiza mikrosatelitske nestabilnosti kod niza solidnih tumora te metodom NGS-a (next generation sequencing) analiza BRCA1 i BRCA 2 mutacije kod karcinoma jajnika i dojke. Metodom real time PCR-a obavlja se analiza panela gena povezanih s trombofilijom (faktor II, faktor V, MTHFR, PAI-1, ACE), te analiza farmakogenetskih polimorfizama (TPMT, VKORC1, CYP2C9*2*3). Metodom kapilarne elektroforeze određujemo status klonalnosti T i B limfocita za potrebe dijagnostike hematoloških bolesnika.