Mikrobiološka djelatnost u bolnici postoji od 1977. godine kada je dr. Mario Milas počeo opremati mikrobiološki laboratorij koji je nazvan Odsjek za mikrobiologiju, a tada je bio u sklopu Odjela za medicinsku laboratorijsku dijagnostiku. Od 1993. godine, mikrobiološki odsjek postaje samostalni Odjel za kliničku mikrobiologiju i parazitologiju. Prvi voditelj Odjela je bio, do odlaska u mirovinu 1996. godine, prof. dr. sc. Bashkim Agolli. Od svibnja 2010. godine, Odjel postaje Klinički zavod za mikrobiologiju i parazitologiju, a predstojnica Zavoda je, do odlaska u mirovinu 2012. godine, bila prof. dr. sc. Volga Punda Polić.
Vanjska kontrola kvalitete
Kvaliteta rada u Klin. zavodu za mikrobiologiju i parazitologiju kontrolira se vanjskom kontrolom kvalitete rada preko:
- Odbora za praćenje rezistencije bakterija na antibiotike u RH pri Akademiji medicinskih znanosti Hrvatske (dva puta godišnje),
- Referentnog centra za Mycobacterium tuberculosis u RH (dva puta godišnje),
- EARSS (European Antibiotic Resistance Surveillance Study) (jednom godišnje),
- UK NEQUAS (United Kingdom National External Quality Assessment Service) (jednom mjesečno).
Praćenje podataka o rezistenciji bakterija na antibiotike, potrošnji antibiotika i pretragama
Svake godine tijekom tromjesečnog razdoblja obrađuju se podaci o rezistenciji najčešćih bakterijskih izolata na antibiotike kao i osjetljivosti uzročnika tuberkuloze na antituberkulotike. Rezultati se prikazuju u godišnjoj publikaciji Odbora za praćenje rezistencije bakterija na antibiotike Akademije medicinskih znanosti Hrvatske.
Također se prati godišnja potrošnja antibiotika na razini cijelog KBC-a i u jedinicama intenzivnog liječenja. Podaci o potrošnji antibiotika također se publiciraju u spomenutoj publikaciji.
Podaci o vrstama i broju mikrobioloških pretraga sakupljaju se i obrađuju na godišnjoj razini i publiciraju u Hrvatskom zdravstveno-statističkom ljetopisu te objavljuju na portalu www.hcjz.hr.