Odjel je posvećen dijagnostici, praćenju i liječenju upalnih i autoimunih bolesti crijeva.
Liječnici Odjela sudjeluju u radu na Poliklinici kroz opću gastroenterološku te ambulantu za upalne bolesti crijeva. Kroz Dnevnu bolnicu liječnici uz pomoć IBD sestara prate i liječe pacijente s Crohnovom bolešću i ulceroznim kolitisom. Najteži pacijenti liječe se u stacionaru Odjela.
Od dijagnostičkih pretraga na Odjelu rutinski se izvode ultrazvuk, EGDS i kolonoskopija, endoskopija videokapsulom, endoskopski i intestinalni ultrazvuk.
Liječenje biološkom terapijom je temelj liječenja srednje teških i teških IBD pacijenata, stoga su veliki napori Odjela usmjereni multidisciplinarnom praćenju i timskom odlučivanju pri uvođenju biološke terapije, a i praćenju pacijenata liječenih ovom terapijom. Pacijenti u svakom trenutku mogu konaktirati sestru Dnevne bolnice, zaduženu za IBD pacijente.