U Zavodu za abdominalnu kirurgiju rade se sve vrste operacijskih zahvata iz područja kirurgije trbuha. Kirurgija jetre, žučnih puteva, gušterače, tumora želuca i debelog crijeva, upalnih bolesti crijeva, hernija trbušne stjenke i proktološka patologija. Uz navedena područja Zavod je poznat po bogatom iskustvu i autoritetu u području laparoskopske kirurgije. U svim sastavnicama Zavoda se nalaze i smještajni kapaciteti za potrebe jednodnevne kirurgije.